教堂的另外一个重点是彩色玻璃，在教堂内的彩色玻璃都非常特别，用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事，如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引，在教堂内部总共有56个玻璃窗，31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案，但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修，而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。

大教堂是为上帝而建造的，这座古老建筑的每一个细节，从精美的手工石头，到无与伦比的中世纪彩色玻璃，都在讲述着耶稣基督的故事，也充满了各样的见证。
到了中世纪，欧洲无数的天主教教堂都有彩色玻璃窗。然而，直到12世纪，这些窗户都相对简单，规模小，轮廓由厚铁架。这是因为罗马式建筑——一种以厚墙和圆形形式为特征的建筑风格——主导了建筑品味。
英国历史流派的风景画家，彩色玻璃设计师、插画家和雕塑家，唯美拉斐尔前派，设计的彩色玻璃在牛津大学伍斯特学院、威斯敏斯特教堂大放异彩。
近些年来，许多教堂在翻修时将恢复彩绘玻璃窗户作为了其中的一个重要部分。对于教友来说，这是增强自身信仰热忱的一种方式，而对于外教人来说，这是心目中教堂不可或缺的一个部分。这些玻璃的制作工厂来自于四面八方，既有上海教区自己的工场、也有上海和外省的一些玻璃工厂，甚至不乏从国外进口的作品。
大教堂内温暖的光线，神圣的氛围感，就来自这些无与伦比的美丽彩色玻璃窗。丰富的图案，多样性的雕塑，以及文物般的庄重感，构建了大教堂令人流连忘返的宗教之旅。