教堂的另外一个重点是彩色玻璃，在教堂内的彩色玻璃都非常特别，用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事，如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引，在教堂内部总共有56个玻璃窗，31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案，但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修，而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。

彩色玻璃，花窗玻璃为西方建筑装饰品，常见于教堂，装置于建筑物墙面上。在伊斯兰教的清真寺，花窗彩色玻璃艺术也很常见。其作用原理是，当日光照射玻璃时，可以造成灿烂夺目的效果。而在电灯时代，夜间从教会内放射出的彩光，又是气象万千。
在餐厅的设计中引入了观光的概念。室内是澳门现代化和历史的缩影。私人餐厅“TATO”的设计灵感来自地标性建筑澳门塔。餐厅柜台呈半圆形，围绕着一根柱子，形成类似于观景台的结构。柱顶延伸至天花板并向外辐射，形成象征天空的空中图案。另一方面，主餐厅则是对澳门历史的一种揭示。圣保罗遗址、议事亭前地、葡式瓷砖、教堂彩色玻璃等建筑遗迹是关键的装饰元素。
英国哥特式教堂的高耸立面与玻璃设计相结合，风格独特而鲜明。而玫瑰窗从相对简单的窗户发展而来，圆形的窗户嵌入彩色玻璃绘画，透光形式绚丽。彩绘玻璃花窗作为教堂采用的一种重要的布道方式，通过人物形象的描绘，向广大识字率低的民众传达《圣经》故事以及历史传奇。